LAMMPS编译安装教程

2023-06-05 23:28| 来源: 网络整理| 查看: 265

# 简介

LAMMPS即Large-scale Atomic/MolecularMassivelyParallel Simulator，可以翻译为大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作。

链接：官网地址 (opens new window)，下载最新稳定版 (opens new window)，下载指定版本 (opens new window)

# 编译环境

需要的编译环境为：

c/c++的编译器，如gcc/icc等 mpi编译器，如mpich等 fftw数学库

下面以intel 2013 compiler 编译器和 mpich3.0.4 版本为例，介绍 lammps 的安装。

我们需要先设置一下环境变量：

# 设置编译c/c++的环境 source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/bin/iccvars.sh intel64 # 设置mpi编译环境 export PATH=/usr/local/mpi-intel2013/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/mpi-intel2013/lib:$LD_LIBRARY_PATH 12345

不同机器的编译器版本、安装目录不同，请依据自己的情况修改，不要直接copy。

# 安装lammps的说明

lammps包含了非常丰富的packages，截止到现在大约有60多个，默认开启的是：

KSPACE MANYBODY MOLECULE

其他的包，我大致分为3类：

直接通过 make yes 就能安装的包，如ASPHERE、BODY、CLASS2等。需要在lammps/lib文件夹下手动编译的包，如atc、quip、reaxc等。需要在lammps/lib文件夹下，额外下载源码安装，然后再链接的包，如kim、voronoi、user-quip等。

另外特别指出，还有一些功能可以支持，部分列举如下：

lammps支持GPU，可以编译出GPU版本安装jpeg/png的库，并通过修改lammps的makefile来支持修改lammps的makefile的宏定义来支持ffmpeg 修改lammps的makefile的宏定义来编译出不同精度的lammps

此次编译仅安装默认的包，其他的内容以后会介绍。

# 编译lammps # 解压缩

如果我们下载到的压缩包为lammps-30Jul16.tar.gz，将其放置在某个目录下，例如用户根目录$HOME,先进行解压缩：

tar lammps-30Jul16.tar.gz cd lammps-30Jul16 cd src 123# 修改Makefile

我们使用文本编辑器（例如vim），打开lammps的makefile文件，修改其中的参数为我们需要的。

vim MAKE/Makefile.mpi 1

需要修改的参数包括如下部分：

# intel的FFTW MKLROOT = /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/mkl FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -I$(MKLROOT)/include/fftw FFT_PATH = FFT_LIB = $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a 12345

备注：MKLROOT为系统中Intel Compiler的mkl库的根目录，请依据自己的情况进行修改为实际路径。默认情况下安装的Intel Compiler的MKL库并未编译fftw的静态库，故需要手动编译。以后关于intel FFTW库的文章会介绍道的。

# 编译

编译命令为：

make mpi # 如果是多核的机器可以并行编译，如make -j 4 mpi 表示用4个cpu核一起编译 1

如果编译成功，会会生成一个名为 lmp_mpi 的可执行文件。

# 测试lammps

下面举例说明如何在天河超算平台下，通过slurm作业管理系统，提交lammps程序。

# 准备输入文件

准备一个输入文件，如用lammps自带的例子：

cd lammps/bench 1

里面有一个名为in.lj的文件。

# 编写提交脚本

编写一个名为sub.sh的脚本文件，里面写：

#!/bin/bash yhrun -N 2 -n 24 -p debug /path/to/lmp_th

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